Σάιενς φορ ολ (4)

Η ημέρα που όλοι επεριμένετε επιτέλους εφτασε! Θα σας πω γιατι ουλλh μέρα ανακατώνω βακτηρίδια!!! (Αν δεν την επεριμένετε τουτη την μέρα μεν μου το πείτε γιατι θα πληγωθω! Απλά μεν θκιεβάσετε το ποστ τζαι καρτερα τα αυριο που θα σας ποστάρω της συμμετοχές του μπλογκοποσκόλιου.)

Ξεκινουμε με την βοήθεια ενας σχεδιαγράμματος...

Εχουμε και λέμε. Ξεκινουμε με ένα πλασμίδιο (plasmid) το οποίο ειναι ενα κυκλικό DNA το οποίο κουβαλά διαφορα γονίδια (δηλαδή "κομμάθκια" DNA οπως εξηγησα στα σάιενς φορ ολ 1 & 2). Το ενα ειναι το γονίδιο που θα αποκωδικοποιηθεί για να καμει την πρωτεΐνη που θέλουμε. Υπάρχουν διάφοροι τρόποι για να καμουμε τουτη την πρωτεΐνη που θέλουμε να ειναι ξεχωριστή, δηλαδη να διαφέρει που ουλλες της άλλες των βακτηριδίων για να μπορέσουμε μετα να την απομονώσουμε που τα βακτηρίδια. Η πρωτεΐνη μας μπορεί να ειναι οτιδήποτε. Μια πρωτεΐνη ανθρώπινη, φυτική, που μύκητες κτλ κτλ αναλογα τι μελετούμε.

Ενα αλλο γονίδιο ειναι ενα που θα προσφέρει resistance (αντισταση;;;;) σε ενα αντιβιωτικό. Πιάνουμε λοιπόν τουτο το πλασμίδιο τζαι με μια απλη διαδικασία, το μεταφέρουμε μεσα στα βακτηρίδια μας. Μεγαλώνουμε/πολλαπλασιάζουμε τα βακτηρίδια μας μεσα σε ενα ειδικό "ζωμό" στον οπόιο βαλλουμε και την κατάλληλη δοση αντιβιωτικου, ετσι θα μεγαλώσουν ΜΟΝΟ τα βακτηρίδια μας που εχουν το πλασμίδιο που εμεις θέλουμε αφου τα αλλα θα πεθάνουν που το αντιβιωτικο.

Τα βακτηρίδια τουτα εν ειδικά για εργαστηριακή δουλεια. Στην εσχάτη των περιπτώσεων να αρπάξεις καμια γαστρεντερίτιδα αλλά αμα προσέχεις εισαι μια χαρα. Εγω ποτέ εν έπαθα κατι. Μπορεί αλκόολ να μεν πίνω αλλά στην δουλεια χρησιμοποιώ εθανόλη καθημερινα για να καθαριζω τζαι να πεθανίσκουν τα βακτηριδια που εν αχρείαστα ή οταν τελειώσω. Επισης να σας πω οτι εχει διαφορα ειδη που τουτα τα εργαστηριακά βακτηρίδια, αναλογα το τι θέλεις να τα κάμεις.

Προσωπικά τα πλασμίδια μου ετοιμάζω τα μόνη μου. Δηλαδή σπαταλώ ενα μεγάλο μέρος της ημέρας μου με την κοπτοραπτική DNA, αλλά αντι σμιλί, ψαλίδι κτλ, χρησιμοποιώ μεθόδους της μοριακής βιολογίας. Αφου βεβαιωθώ οτι τα πλασμίδια που εκαμα εν σωστα (με $3/δείγμα και σε 24 ωρες το DNA facility σου στελει τα αποτελεσματα), πολλαπλασιάζω τα βακτηρίδια μου σε 1-2 λίτρα "ζωμου" για βακτηρίδια. Σε 20 λεπτα περίπου το 1 βακτηριδιο θα γίνει 2, σε αλλα 20 λεπτά τα 2 θα γίνουν 4 κτλ κτλ. Στην φωτο βλεπετε μια φωτο που ηβρα που το ιντερνέτ με 2 μικρές καλλιέργιες. Στα δεξια εν ο "ζωμος" πριν να μεγαλώσουν τα βακτηρίδια τζαι στα αριστερα συγκόφκω το για μετα που ~16 ώρες στις οπόιες τα βακτηρίδια ηταν στους 37 βαθμούς Κελσίου τζαι σε ενα πράμα που τα "σούζει" για να ανακατωνετε μεσα στην καλλιέργεια οξυγόνο που τον αερα το οποίο ειναι απαραίτητο για να πολλαπλασιαστουν. Αμαν τα βακτηρίδια στο τέλος μυρίζουν σαν αντρικά πόθκια που μολις εφκάλαν τες κλάτσες που εφορούσαν για 3 συνεχόμενες μέρες μεσα σε κλειστά παππουτσια, τοτε μαλλον εν πρώτης ποιότητος βακτηρίδια! 

Με λια τρικς ποτζει ποδά τα βακτηρίδια μεγαλώνουν τζαι καμνουν τζαι την πρωτεΐνη που θέλεις. Πολλά που τουτα τα τρικς μαθαίνουνται με εμπειρία τζαι με το να ξερεις καλα το τι γίνεται για να μπορείς να εβρεις τροπους να ξεπεράσεις τα τεχνικα προβλήματα. Οταν μεγαλώσουν τα βακτηρίδια, εκτελούμε βακτηριοκτονία τζαι "ψαρευκουμεν" την πρωτεΐνη μας που μέσα στα βακτηρίδια με διάφορες μεθόδους. Τουτο εν το πιο δυσκολο μέρος για πολλους λόγους, πχ. στα βακτηρίδια σου μπορεί να μεν αρέσκει η πρωτεΐνη σου γιατι εν "ξένη" τζαι έτσι  ειτε να μεν σου καμουν καθόλου ή να σου καμουν πολλά λίγη ποσοτητα της πρωτεΐνης, είτε να μεν ξέρουν να  "διπλώσουν" σωστα την δομή τους οπως εξήγησα στο σάιενς φορ ολ παρτ 3.

Αφου πιασουμε την πρωτεΐνη μας πρεπει να βεβειωθούμε οτι εν ικανοποιητικά pure. Δηλαδή οτι τζεινη μονο απομονόσαμε τζαι όι αλλες ανεπιθύμητες. Αφου βεβαιωθουμε με διαφορες τεχνικες, τοτε είμαστε έτοιμοι να μελετήσουμε την δομή τζαι την λειτουργία της πρωτεΐνης μας, κατι πολλα σημαντικό, κατι για το οποίο ελπιζω να σας έπεισα στο σάιενς φορ ολ 3.

Ετσι τωρα ξερετε οτι ουλλη μέρα εγω κόφκω-ραφκω DNA, μεγαλώνω βακτηρίδια με αγαπη τζαι μετα "σφάζω" τα ανα εκατομμύρια, απομονόνω πρωτεΐνες που τα βακτηρίδια τζαι μελετω τες.

Ενα κεχαριτωμένο E.coli που το
thinkgeek.com.